细胞/动物模型定量蛋白质组学解决方案
阅读：362
时间：2023-08-16
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产品简介
人源或鼠源细胞系、小鼠动物模型是生物学和基础医学研究中最常用的实验材料，常用于解析某些生物和疾病表型、靶标基因或外源刺激相关的分子机制。
本公司推出针对人源或鼠源细胞/动物模型样品的定量蛋白质组学解决方案，通过比较不同细胞/动物模型样品组间的蛋白质组定量差异，结合生物信息学，解析不同样品组间差异的分子基础，提示关键的差异蛋白或信号通路。针对基因编辑、病毒刺激或药物刺激造成的组间差异，可结合相关数据库提供关联性更强的差异蛋白和信号通路，并可提供初步满足论文发表要求的结果图表、方法与结果描述的中英文文案。
服务形式
客户提供两组细胞沉淀样品或动物组织样品，本公司从原始样品中提取蛋白质并酶解除盐处理后，随后用高分辨液质联用系统进行检测，并基于质谱检测数据出具检测和分析报告，提供蛋白质组定量统计、差异表达分析、注释富集分析、GSEA分析、蛋白互作数据库挖掘、互作网络分析等分析内容，综合多项分析结果辅助筛选更可能与样品分组相关的关键蛋白和关键信号通路，并参照常见发表蛋白质组学文章的结果形式，提供可参考的结果图表，及方法学和结果的描述文案。
如果客户能够提供与样品分组相关的基因编辑、病毒或药物刺激等信息，本方案可根据基因名、病毒种属和药物名称编号进行专业数据库挖掘和针对性分析。
送样要求:
样品分为实验组和对照组，各提供至少3例重复样品。
细胞样品：
（1）样品细胞为预冷PBS清洗之后的细胞沉淀，于EP管中冻存和寄送。
（2）细胞数不少于106；或细胞沉淀不少于10μL体积；或不少于6孔板一个孔细胞培养密度>80%的细胞。
（3）-20℃以下低温冻存，干冰寄送。
动物组织样品：
（1）样品来源于小鼠单一部位组织，剪碎后以预冷生理盐水或PBS清洗至清洗液中不见血色，以干净滤纸吸干残留液体后，于EP管中冻存和寄送。
（2）组织重量不少于10mg。
（3）-20℃以下低温冻存，干冰寄送。
产品优势
01多数据库信息挖掘：提供来源于更多个注释数据库和更多种富集方法的功能注释和富集分析结果。
02多维度筛选关键蛋白：综合差异蛋白的差异显著性、功能相关性、互作网络重要性等因素，提示更可能与样品差异相关的关键差异蛋白。
03综合提示关键通路：综合各个功能注释条目的在不同富集方法中的富集程度，提示更可能与样品差异相关的关键信号通路，明确提示后续实验方向。
04关键因素个性化挖掘：可根据提供的敲除或过表达的编辑基因、施加刺激的病毒或药物种类，结合相关数据库进行针对性分析。
05图文对标论文标准：提供近似SCI论文发表的结果图表形式，以及结果与方法的中英文文案。
结果示例
（1）蛋白质组定量数据总览
总览所有样品中所有蛋白质的定量数据，统计各个样品中定量到的蛋白数目（A）、肽段数目（B）和各个蛋白所属肽段数目的分布（C），展示所有样品中所有蛋白的定量热图（F），并通过相关性分析（D）和PCA分析（E）展示各个样品的定量相关性。
本结果可用于展示项目检测到的所有样品中所有蛋白质定量数据的总体情况。
（2）差异蛋白筛选与GO/KEGG注释富集分析
根据蛋白在不同样品组间的差异倍数和T检验P值筛选组间显著差异蛋白（A，B），并基于GO和KEGG数据库对差异蛋白进行注释和富集分析（C，D）。除了图中展示的GO-BP和KEGG富集结果外，结果报告中还包括GO-MF，GO-CC以及Hallmark基因集的注释与富集结果。
本结果可用于展示组间差异蛋白的筛选过程，以及差异蛋白所属的功能条目和信号通路，提示与样品分组相关的关键蛋白和信号通路。
（3）GSEA分析
基于Hallmark基因集和蛋白质组定量数据进行GSEA分析，展示富集到的组间上下调的所有基因集条目（A），以及上下调最显著条目的GSEA富集结果（B，C）。除了图中展示的Hallmark基因集外，报告结果中还包括针对GO、KEGG基因集的GSEA分析结果。
本结果可用于展示蛋白质组学数据GSEA分析的结果，提示组间差异相关的上下调功能条目和信号通路。
（4）蛋白质互作网络分析
基于STRING蛋白质相互作用数据库分析差异蛋白之间已知的及可能存在的相互作用。每个节点表示一个互作蛋白，连线表示蛋白间存在相互作用。节点颜色表示该差异蛋白的组间差异倍数。如果有提交相关的编辑基因、刺激药物或病毒，相关基因或病毒已知的互作蛋白及药物已知的靶标蛋白也会纳入蛋白相互作用网络中。
本结果可分析和展示蛋白质之间的相互作用关系，提示重要的关键蛋白。
（5）关键蛋白与关键信号通路的筛选
本项目会综合多项分析结果，包括差异蛋白筛选、功能注释和富集分析、蛋白互作网络分析等，对获得的差异蛋白和功能注释条目进行评分和排序，最终筛选出更可能与样品分组相关、可用于后续功能和机制验证的最多20个关键蛋白和20条关键注释条目。报告结果中会展示各个关键蛋白和注释条目的具体信息及筛选依据。
本结果用于提示可用于后续验证或讨论的关键蛋白或信号通路。
（6）各蛋白与注释条目的独立展示
对于通过差异表达分析筛选出的各个差异蛋白及富集分析筛选出的各个注释条目，报告结果中会独立展示各个蛋白的表达量（上）及各个注释条目中蛋白的定量信息（中）和相互作用信息（下）。
本结果更直观展示了重点关注的蛋白及注释条目的详细信息。
产品特点总结
本产品适用于人源或鼠源细胞/动物组织来源样品的蛋白质组学定量比较和分析。相比常规定量蛋白质组学服务，本产品增加了更丰富的分析内容，包括基于MsigDB数据库的GSEA分析，以及针对靶标基因/药物/病毒的个性化数据库挖掘和分析，并综合各项生物信息学分析结果筛选更具潜力的关键蛋白和关键功能注释，提示后续实验方向。该产品参照蛋白质组学SCI论文的模式进行整理和描述，并提供更丰富的数据挖掘信息和更有助于论文发表的研究分析结果。
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